Да, если хотя бы один из форматов экспорта из Moodle совпадает с форматом импорта в 1С. О последних мне ничего не известно.
Еще хотел обратить ваше внимание на то, что Moodle можно настроить таким образом, что оценки сможет скачивать кто угодно, кто знает определенный URL, даже если этот пользователь не зарегистрирован на сайте. Возможно этим "пользователем" может быть и 1С. Тогда вы сможете делать это прямо в 1С, не входя в Moodle.