Hola, planteé algo similar, pero con un inconveniente que encontrarás cuando cambies a otra versión. ¿Qué pasará con esas modificaciones que hagas ahora?
https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=230765#p1003624
Para cambios de apariencia, en la carpeta theme tienes los temas, puedes modificar alguno o crear uno nuevo.