Ol@,
O mais recomendado é otimizar seu servidor e se necessário acrescentar mais recursos de CPU e memória e talvez nesse caso específico uma solução de armazenamento mais rápida.
A segunda opção seria aumentar o valor da variável PHP max_execution_time, o que pode pontualmente resolver o problema, mas não sua causa.
http://www.php.net/manual/pt_BR/info.configuration.php#ini.max-execution-time
[]'s
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Gleidson Medeiros
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