Nunca vi esse erro durante o replace.
Eu experimentaria primeiro fazer um repair da base de dados.
Se não resultasse, removeria o módulo phpmyadmin e voltaria a instalar depois do replace. Se ele já foi removido removeria as tabelas pois já não seriam utilizadas (as tabelas mld_pma aparentemente são do plugin phpmyadmin).
Isto é uma opinião sem uma investigação cuidada e apoio dos técnicos.
De qualquer forma Um backup geral da base de dados é obrigatório antes de proceder.