Buenas.
La forma más sencilla es instalar moodle en una carpeta/directorio y luego crear el index.html en la raíz del sitio.
También sería válido instalar Joomla, Wordpress, Drupal, etc. y crear un enlace hacia el aula virtual.
Si pones el index.html en la misma ruta que el index.php de Moodle vas tener un conflicto, ya que no se puede mostrar los 2 a la vez y tendrás que cambiar el orden de carga en tu servidor, vps o hosting para que se muestre el contenido del .html antes que el .php
Aparte de que cada vez que uses la barra de navegación volverás a la página de inicio no a la portada de Moodle.
Por esto es más recomendable las opciones indicadas al principio.
Un saludo.
Jose García