Hola Patricio
Hay al menos 3 versiones del libro de calificaciones, según la versión concreta de Moodle que estés usando... En función de la versión el problema puede ser uno u otro. Por si estás usando una versión reciente, revisa el calificador en vista completa, comprobando que NO esté ajustado para que ignore las calificaciones vacías.
Un saludo
