Severin a bien expliqué la manoeuvre : il fau non seulement enlever les tables, mais surtout retirer les répertoires physiques des plugins à désactiver.
Il faut également préciser quelle version est installée, en Moodle 2, la gestion de tous les plugins a été unifiée et il est désormais possible de TOUT désactiver à partir du menu d'administration.
C'est vrai que je ne vois donc pas la nécessité de supprimer les tables de la base, hormis dans des cas très très spéciaux d'installation embarquée (et encore !!)
Pour la gestion des mises à jour, si vous choisissez de vraiment retirer les plugins, ce n'est pas très complqué, mais il vous faudra toujours deux installations : une complète et une "purgée", ou maintenir un petit script qui supprime les chemins des plugins qui sont exclus (et qui réapparaitront lorsque vous copiez une nouvelle version de Moodle dans votre installation).