Например, создаю ресурс файл, прикрепляю к нему файл (ссылаюсь на него) и докачиваю еще несколько файлов не делая ссылок на них?
На докачиваемые файлы должны быть ссылки в основном файле. Естественно, речь идет об HTML-файлах. Ссылки должны быть относительные.
Можете скачать архив Архив с исходниками "Самоучитель по MathCAD" (гостевой доступ) и разместить на своем сайте. Посмотреть результат можно тут: Самоучитель по MathCAD