je me réponds ...
la gestion des fichiers entre la 1.9 et la 2.2 a beaucoup évolué et en 2.2 le système de fichiers sous moodledata n'est plus "humainement" lisible.
Les fichiers que je croyais perdus ne l'étaient pas. Je testais un lien vers un fichier son dans un test réalisé avec hot potatoes et en 2.2 il semble que les fichiers ressources à la mode 1.9 ne soient pas bien traités. Le passage en 2.4 a résolu le problème.