Ciao Marco,
il comando che indichi non altera lo schema del database, ma il set di caratteri. Per verificare lo schema del database: http://docs.moodle.org/22/en/Verify_Database_Schema
Prima di effettuare qualsiasi operazione, ti suggerisco caldamente di effettuare test con i tuoi dati reali su un sito duplicato in modo da non compromettere il tuo sito in produzione. Accertati di leggere bene tutta la documentazione disponibile al link che ti ho fornito inclusi i link dove viene detto "please also read..."