Se il modulo questionnaire era già presente nelle versione 1.9.x il comando "CREATE TABLE mdl_questionnaire" trova la tabella e fallisce. Sembra che il plugin non si accorga che deve fare un aggiornamento, forse non stai usando la versione corretta: http://moodle.org/plugins/view.php?plugin=mod_questionnaire. Potresti anche provare a verificare la corretta procedura di aggiornamento del modulo, probabilmente è necessario migrare prima alla versione 2.2 del modulo per poi passare alla 2.3: http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=207341