Hola
Es importante mecionar la version de moodle.
Moodle 2.x
Administracion del sitio -> Apariencia -> Selector de temas
Seleccionas algun tema y listo, si los que moodle no trae no te gustan entonces puedes buscar mas Aqui
Sino entonces seria que desarrolle uno, contrates a un desarrollador o a un moodle parner Aqui encuentras los moodle parners.
Moodle 1.9.x
Administracion -> Apariencia -> Temas -> Selector de temas
Los mismo puedes encontrar temas aqui, y sino puedes desarrollar uno o contratar a alguien para que te lo haga.
Instalacion de temas:
Los temas en moodle 1.9.x y moodle 2.x simplemente se instalan subiendo la carpeta del tema en al directorio tumoodle/theme.
Advertencia: Por que la instalacion sea igual no quiere decir que los temas de moodle 1.9.x funcionen en moodle 2.x, asi que asegurate de subir el tema para la version de moodle que usas.
Espero la info sea de ayuda, saludos