Hola Luna,
Si no sabes nada de Moodle, pues aunque se te explique, no entenderás nada.
Entonces, como primera etapa, te recomiendo instalar en local la plataforma y "jugar" un poco con ella.
Esto, al tiempo que lees diversas secciones de la documentación oficial.
La parte visual se define a partir de lo que en Moodle se conoce como "temas" (en inglés se les llega a llamar "skins").
Por defecto, el sistema tiene varios temas predefinidos, por lo que cambiar su apariencia se limita a elegir uno u otro desde el menú respectivo.
Asimismo, hay muchos temas elaborados por miembros de la comunidad Moodle y son descargables de forma gratuita.
También hay particulares u organizaciones que los venden (busca en la red).
Finalmente, también puedes definir el tuyo propio, pero eso implica que tienes un conocimiento aceptable de la plataforma a nivel de su interfase y de ciertos aspectos del codigo.
Saludos