Hola.
No se si te sea de ayuda, pero cuando tuve problemas para actualizar los solucioné haciéndolo manualmente, carpeta por carpeta, vía FTP, y posteriormente instalando los módulos que no vienen predeterminados y necesitaba.
Saludos!
Cosas de Administradores
Actualización de Moodle 1.9.16+ a 2.0.7
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