Hola
Muy raro.... revisa que los cursos no hayan sido reiniciados (tiene toda la pinta) o que se haya dado de baja a los usuarios por finalización de matrícula. Prueba a matricualr un usuario que sepas que es alumno de uno de esos cursos a ver si vuelve a aparecer su historial.
También el módulo subcourse podría ayudad a recuperar al menos las calificaciones.
http://moodle.org/mod/data/view.php?d=13&rid=1775&filter=1
Salu2