Hola
Las causas más habituales de los errores en las copias de seguridad están relacionadas con la falta de recursos del servidor o algún módulo no estándar. El modo depuración activo a la hora de hacer el respaldo te puede dar alguna pista.
Si puedes prueba a replicar tu sitio en modo local y trata de hacer copias de seguridad aumentando los recursos (tiempo de script, memoria, tamaño de archivos...).
Salu2