Forse la tua installazione prima dell'upgrade era precedente alla versione 1.9.7, quando è stata introdotta la password policy abilitata per default e il password salting: http://docs.moodle.org/19/en/Moodle_1.9.7_release_notes
Se non lo hai già fatto ti suggerisco di aggiungere il salt e di lasciare che i tuoi utenti cambino la propra password.