Hola
Una copia de seguridad completa del sitio comprende las carpetas moodle, moodledata y la base de datos.
Lo que estás haciendo es una copia de seguridad de la portada que se ha de restaurar como portada en el nuevo sitio. Además deberías hacer una copia de seguridad de cada curso y restaurarlos también, por lo que hacer un respaldo del sitio completo es mucho más rápido.
Busca en el foro por migrar moodle a otro servidor para más detalles del proceso completo.
Salu2