Обновлял точную копию, так как перенос курсов не совсем ясен, да и большое количество курсов. по этому обновлял как написано в мануале, удалил старый, на его место записал новый и запустил процесс обновления и.. пошел спать =)
и еще, если кто будет так делать обновление, параллельные сайты на сервере во время обновления могут сильно тормозить, обновление много "жрет" ресурсов, в основном (в среднем 90%) диск. пришлось еще одну виртуалку подымать =)