... Ca doit aussi être possible post-installation, mais je ne m'y connais pas assez ...
Oui, mais non, pas dans votre cas, pas pour une installation de multiples Moodle en ordre inversé.
La structure de la BDD 2.X n'étant pas la même que celle d'une version 1.9, le mal est déjà fait et cette base est donc corrompue.
Elle ne peut (et ne doit) pas servir de base de fond. Soit on donne un autre nom lors du script d'installation, soit on supprime la BDD avant.