Hola Maurus,
Moodle 2 trae una herramienta interesante a este respecto.
Al lado de cada recurso/actividad aparece una casilla con una "paloma" que el alumno puede activar.
Al hacerlo marca el tema por visto.
Para usar esto:
Características avanzadas -> Habilitar rastreo del grado de finalización -> [Habilitar esta opción]
Características avanzadas -> Habilitar disponibilidad condicional -> [Habilitar esta opción]
Creo que con habilitar la primera opción basta, pero no estoy seguro.
Luego de ello, en la parte inferior de la pantala de configuración de los recursos/actividades, elije las opciones que correspondan.
Si esto no te resuelve, habrá que esperar la sugerencia de alguien más relativa a un módulo externo.
Saludos