Dans le 2eme cas, pour une raison pas trop claire à mon sens, Moodle convertit en 'entités HTML' le contenu du lien si il ne commence pas par http:// ...
Donc si tu mets ../moodle/course/view.php?name=COURS_B il le convertit et le lien est cassé
Par contre si tu mets http://tonmoodle.fr/course/view.php?name=COURS_B il ne le change pas ...
Bizarre, bizarre, vous avez dit bizarre
Edit: ceci vient probablement du fait que c'est le même code qui gére les 'liens vers un fichier ou une page Web'. Donc si ca commence par http:// il en déduit que c'est un URL et dans le cas contraire que c'est un fichier local à la plate-forme ...
Edit2: cette particularité disparait en Moodle 2.0 ou l'on distingue une ressource de type fichier ou de type URL. Ah, la fameuse version 2, quand elle sera prête !