По описанию - есть некоторая вероятность, что по какой-то причине Moodle не записывает course_modules.id в course_sections.sequence.
Почему это произошло заочно сказать затруднительно - нужно "щупать" систему в phpmyadmin и, возможно, в отладчике.
Могу только посоветовать начать изучение проблемы с запросов:SELECT * FROM `mdl_course_sections`
WHERE course=XXX;SELECT * FROM `mdl_course_modules`
WHERE course=XXX;
Вместо XXX - id курса, в котором проблема. Если все нормально - в первом запросе в поле sequence должны быть через запятую перечислены id из второго запроса для соответствующей секции.