Ни в коем случае этого делать нельзя. Для нормальной работы все файлы в папке moodle должны быть видны из интернета. А если вам нужна папка для бэкапов, то создайте её в отдельном каком-нибудь другом месте. Можно, но не желательно создать её в папке moodledata - вот эта папка ни в коем случае не должна быть видна из интернета, там как раз есть файл .htaaccess с соответствующими настройками