Moin Ralf,
ja, so oder ähnlich machen wir es derzeit auch: wir haben einen eigenen Kurs, der Topic-weise die Änderungen beschreibt und die notwendigen Dateien vorhält (jeweils "Original" und "Anpassung"). Der geänderte Quellcode wird zusätzlich in der Anpassung selbst kommentiert.
Unübersichtlich wird das ganze allerdings dadurch, daß einige Änderungen keine direkten Folgen für updates haben (zB weil im eigenen Thema oder in der Datenbank), andere hingegen schon (php-Seiten).
Und: Mittlerweile dauert die Anpassung aber schon einen ganzen Tag...
Viele Grüße,
Marcus