supongo que te refieres a los archivos que te hayan podido enviar los alumnos como solución a una actividad de tipo Tarea, no?
Esos ficheros se almacenan dentro del directorio moddata/assignment del curso en el que estás. Podrías borrarlos de allí.
Ahora bien, yo no lo haría hasta una vez finalizado el curso! Pero tú mismo...
Ciao