Ik heb de oplossing inmiddels zelf gevonden.
In Gebruikers -> Rechten -> Gebruikersregels selecteer ik de rollen, die niet gesynchroniseerd moeten worden met overkoepelende cursussen.
In Gebruikers -> Rechten -> Definieer rollen moet bij 'Leraar zonder bewerkingsrechten' het beheer van de koepelcursus zijn toegestaan, de rest van het beheer kan naar keus worden aan/uitgezet.