NUNCA has de asignar roles globales, salvo para un administrador o par aun supervisor. Tampoco es correcto, salvo excepciones, que el ro, por defecto sea el de estudiante. Si asignáis roles globales, los alumnos lo son DE TODOS LOS CURSOS.
Hay varias formas de matricular a los alumnos, cual escoger depende de para qué usáis Moodle. Si la matrícula es libre, al pinchar en un curso cualquiera les ofrecerá matricularse, si cada alumno ha de ir a unos cursos en concreto podéis ponerles unas contraseñas que daréis sólo a los alumnos que os interesan. Personalmente recomiendo la matriculación "manual", asignando los roles desde la página "Asignar roles" de cada curso. Como esto es un poco pesado hay otras opciones como los archivos de texto plano o la base de datos externa.
http://docs.moodle.org/es/A%C3%B1adir_un_alumno
Salu2
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