Depende de la versión de Moodle que utilices, ya que a partir de la 1.9 las calificaciones han cambiado bastante. Te recomiendo que consultes el excelente manual de Jesús Baños:
http://docs.moodle.org/es/Manuales_de_Moodle
O los tutoriales de esta página, donde se comenta el nuevo módulo de calificaciones de la 1.9:
http://fpmantenimiento.es/tutormoodle/
Salu2
W