Hola
El problema de las rutas a los archivos en Moodle 2 tiene una sencilla solución que es la utilización de rutas absolutas, el problema es que esto implica que tenemos que disponer de un alojamiento en un servidor, manejar un gestor de FTP, que el administrador habilite los repositorios... cosas que pueden quedar fuera de los conocimientos de muchos o simplemente no dependen de nosotros.
Sin embargo, puede hacerse de forma simple usando Dropbox (cuenta gratuita de 2 GB) y servicios similares, que sincronizan una carpeta de tu equipo con 'la nube'. En la carpeta pública se pueden obtener enlaces con rutas absolutas y en caso de necesitar actualizar varios archivos, basta con sustituirlos, manteniendo el nombre del mismo. De esta forma actualizando la carpeta de archivos en tu equipo actualizarás TODOS los recursos en tu curso Moodle (siempre que mantengas los nombres originales).
Un sencillo tutorial (alojado en mi carpeta Dropbox ):
http://dl.dropbox.com/u/1044238/Moodle/Dropbox_moodle.html
Un saludo