En el caso del cron, el DDos se evita fácilmente poniendo contraseña, lo cual impide a priori, la ejecución externa. Otra cosa es que la gente no la ponga, que es la opción que viene por defecto. Por otro lado, a raíz de tener en cuanta casos como este, entre las opciones de cron existen restricciones como tiempo máximo de ejecució, periodo máximo de procesamiento y tiempo minimo entre ejecuciones. En fin, que es un punto sensible, solo se quiere que lo sea.
En cuanto a lo que nos ocupa, hay un detalle importante, y es que este bug no es accesible para atacantes externos, debes ser usuario registrado. Aunque en parte lo que se expone en el artículo del blog es correcto, la cantidad de peticiones atendida se puede alterar por configuración en el servidor, donde se especifica la cantidad de procesos que se pueden crear y la cantidad de peticiones que pueden ser atendidas por cada proceso. En resumen, en mi opinión no es tanto un bug como un error en el diseño pero sin duda se agradece que alguien preste atención a estos detalles.
PD: Voy a subir el tema al tracker, previa búsqueda, para que lo revisen.
PD2: Error notificado http://tracker.moodle.org/browse/MDL-29311, votadlo para que lo tengan en cuenta lo antes posible.