Hola Esaú,
Aquí encontrarás la documentación oficial de Moodle relativa a los temas.
En varias páginas hay un menú a la izquierda en el que se encontrará
una opción para verlas en español (creo que no todas están traducidas).
En lo que respecta al tema de los colores, considero conveniente consultar
esto.
Para el trabajo a nivel operativo, conviene abrir Moodle con el navegador
Firefox, instalar la extensión
WebDeveloper, y "detectar" la parte de las CSS
que afectan tal o cual elemento de la página, a partir de presionar las teclas
"Ctrl", "Shift" y "Y" de forma simultánea.
Después de ello, simplemente posicionas el cursor en la parte que quieras
modificar y la extensión te indicará la o las líneas de las CSS que la afectan.
Busca dichas líneas en las hojas de estilo y listo.
Saludos