La duplication de cours est vraisemblablement lourde et dangereuse. La synchronisation risque de devenir un "pensum" pour l'enseignant.
Une solution peu "académique", mais probablement très pragmatique serait de créer une simple page supplémentaire, ou plusieurs selon les modes d'accès, et de se forger "à la main" des catalogues de liens organisés de façon adéquate. Il est évident qu'une telle pratique ne peut être qu'une solution très locale car elle n'est pas très dynamique. Si on ajoute un cours, il faudra probablement réviser cette page. Mais c'est un moyen de sortir du système de catégories de Moodle, qui, comme tout logiciel d'organisation de quelque chose, ne peut proposer qu'un seul arbre de rangement principal.
Pour une réalisation pratique de ces pages, il suffit que ce soit des pages PHP qui reprennent au minimum :
<?php
include "<path_to_config>/config.php";
require_login(); // si elles doivent être privées
print_header(...) // capté dans un des nombreux fichiers de module.
...
?>
Le reste peut être des pures organisations de liens (en HTML) récupérées des listes de cours. C'est statique mais permet de proposer plusieurs accès distincts aux mêmes entrées de cours, pourvu que les cours ne changent pas tout le temps. Ceci n'empêche évidemment pas de choisir une stratégie d'organisation principale des catégories Moodle qui ait un "sens".