En principe oui, il est possible de mettre à jour des activités H5P créées avec une ancienne version vers une version plus récente. Il faut avoir des droits d’administrateur pour accéder aux paramètres d'administration du site. J'ai fait la manipulation suivante avec l'activité Multiple Choice sur mon site local de Moodle. C'est en anglais, mais ça marche pareil en français.
Au moment de créer une nouvelle instance d'une activité Multiple Choice je m'aperçois qu'une nouvelle version est disponible.

Je ne télécharge pas la nouvelle version de la librairie, je clique à gauche et je crée mon activité "MCQ 01".
Puis je vais créer une nouvelle instance de Multiple Choice mais cette fois-ci je télécharge la mise à jour. Activité "MCQ 02".
Puis, en tant qu'administrateur, je vais dans Dashboard / Site administration / Plugins / Activity modules / H5P / H5P Libraries. A partir d'ici je me réfère aux captures d'écran ci-dessous :

(1) Dans la liste des librairies H5P je constate que 2 versions de la librairie H5P Multichoice sont installées sur mon site Moodle : la 1.12.0 et la 1.13.2, avec chacune 1 instance existante (c'est la colonne entourée d'un rond rouge). Mon activité "MCQ 01" créée avec l'ancienne version 1.12.0 et mon activité "MCQ 02", créée après la mise à jour, avec la version 1.13.2 de la librairie.
A droite de la ligne MUltiple Choice (1.12.0) je vois un bouton vert me proposant de mettre à jour le contenu de cette ancienne librairie. Je clique dessus.
(2) On me propose de choisir la version vers laquelle je souhaite faire la mise à jour, je choisis donc la 1.13.2.
(3) Tout s'est bien passé
(4) De retour sur la page précédente Dashboard / Site administration / Plugins / Activity modules / H5P / H5P Libraries, je constate que la librairie 1.12.0 ne contient plus aucune instance d'activité Multiple Choice, tandis que la version 1.13.2 en contient maintenant 2 : la mise à jour a réussi.
NB.- Sur la plateforme Drupal, l'interface est mieux faite. D'abord, dans la page qui liste les librairies, on peut voir précisément la liste des activités crées avec telle ou telle librairie (ou version de librairie). Et lorsqu'une version (ancienne) de librairie n'est plus utilisée, on peut la supprimer, ce qui n'est pas possible dans Moodle.
Tiens-nous au courant si ça marche.