Hola,
Con respecto al plugin para subir un archivo en una pregunta de cuestionario (examen), le escribí a la autora y esto me contestó:
"Starting in moodle 2.1 or 2.2 (I forget exactly which version, but definitely in all recent versions of moodle) the standard built-in essay question type has an option to allow an attachment, so the file response type is no longer needed."
Lo que significa que el tipo de pregunta ensayo puede aceptar un archivo en la respuesta.