大した実害は無いのですが，エラーメッセージの表示をONにしていると，コースにリソース（ファイル・フォルダへのリンク）を追加するたびに警告が出るので．これはMoodle1.9以降のみで発生します．

mod/resource/type/file/resource.class.phpのfunction _postprocess()

    function _postprocess(&$resource) {
        global $RESOURCE_WINDOW_OPTIONS;
        $alloptions = $RESOURCE_WINDOW_OPTIONS;

// (Shirai071): ここから修正
//      if ($resource->forcedownload) {
        if (isset($resource->forcedownload) && $resource->forcedownload) {
// (Shirai071): ここまで修正
            $resource->options = 'forcedownload';

        } else if ($resource->windowpopup) { 

強制ダウンロードするかどうか，設定画面（display()）で設定できるのですが，新しいウィンドウに表示する設定(windowpopup)にすると，強制的にダウンロードさせる，はチェックボックスがグレーになります（無効化）．つまりこの場合は$resource->forcedownloadが設定されませんので，falseでもtrueでも無く，そのため警告が表示されます． 

MDL-15219に報告済みです．

と，よく調べてみたら， MDL-14895で報告済みですね．