Lo único que tienes que hacer es
subir el archivo SWF a la carpeta del moodle que se encuentra en modledata/ uno (1)
la manera más fácil de ubicar esta carpeta es subiendo una imagen al modle prácticamente es la primera carpeta que se arma
o si lo prefiere buscar el teme e incluir una carpeta allí donde va a estar el SWF
abrir el header del teme que deseas cambiar con dreamweaver
eliminar el .jpg o el .png que se encuentran en el lugar donde se debe colocar el .SWF
copiando el código correspondiente "<objetct>xxxxxxx</objetct>
colocar donde va el vínculo
<param name="movie" value="http://tudireccion.com/file.php/1/logo.swf" />
se eligió colocar una carpeta en otro sitio remplace 1 por la dirección de esa carpeta
después de hacer estos cambios se debe guardar sin actualizar vínculos
Eliminar el header del teme y subir el header modificado
Esta es la fórmula clave