Estimado Willmar,
Si los usuarios ya están creados, y para dejarlos en nuevo curso creo que tienes elegir la opción de actualizar los datos es decir en:
Gestión del campo de contraseña : crear contraseña si es necesario,
actualizar cuentas existentes: si,
Permitir renombrar: no
Eligiendo estas opciones, al subir el archivo se te modificarán el firstname, lastname, email, city, salvo el course1,course2,course3,course4,course5 : que son los nombres cortos de los cursos. Ojo que no se modifica ni se elimina del curso ni nada del log o de las actividades que ha hecho el alumno en la plataforma.
Bueno en resumen tienes que tener en consideración que los campos obligatorios en el texto plano son : username, password, firstname, lastname, email, city, course1, course2, course3, course4 y course5, estos últimos 5 campos son los únicos que no se modifican y no son obligatorios por moodle, sino que te los agrega a nuevos cursos si es que existen.
Nota: puedes agregar 5 cursos en un texto plano, también hay una documentación sobre este tema http://moodle.org/help.php?file=uploadusers.html
En fin espero que te sirva mi pequeño consejo,
Saludos cordiales.
Fernando.
Fernando