以前４月に、かなり白井先生に対応していただいた以下の件に少し関係しそうなのですが...
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=94176
学生が課題に提出したファイル名が、『十年.txt』のようなファイル名だった場合、アップロードは正しくされるのですが、その後、そのファイルへのリンクをクリックししてもファイルが読めません。（実データはアップロードされています）
『一年.txt』のようなファイル名にしてアップロードすると問題ないので、ファイル名に含まれる文字列中に、スラッシュ等の文字と同じ文字コードが含まれるのかもと疑っているのでが、上記のリンクの通り、file.phpを変更して、強制的にUTF-8にして渡してはいるはずなのですが...
ちょっと説明不足かもしれませんが、いろいろ試してみて詳細が分かりましたらまた報告させて頂きます。
何かアドバイスをいただけたら幸いです。
var_dumpで確認してみたところ、
「十年.txt」は、UTF-8に変換した後でも「□/□N.txt」のように扱われているようです。
それで
$pathname=mb_convert_encoding($pathname,'UTF-8', "auto");
としていたところを、
$pathname=mb_convert_encoding($pathname,'UTF-8', "sjis-win");
のように変更したら、リンクが辿れました。
ただし、ダウンロードするファイル名「十年.txt」が「年.txt」のようになります。
十という文字だけでなく表という文字も同じような扱いになります。「表示.txt」が「示.txt」となります。
テールバイトが0x5C（￥）の表とか十とかソはどうも同じ扱いのようです。
参考：http://www.shtml.jp/mojibake/sjis_cgi.html
参考：http://ja.wikipedia.org/wiki/Shift_JIS
内部的に、0x5Cを除外してUTF-8に変換されている？
久しぶりにＩＩＳ（WindowsXP上）を起動して試してみました．
学生として，十年.txtを課題にアップロード（単一ファイル）しました．
それを学生として，教師（クイック評定）として，ファイル名をクリックしてダウンロードしてみましたが，特に問題はありませんでした．
HTTPの”スラッシュを使用する”のOn/Offが関係しているのかな？とも思ったのですが，これも関係無さそうです．
試したのはfs_moodle2.7aです．ブラウザはＩＥ７です．
Firefoxは試していません．
もしかしたらfs_moodle（あるいはMoodle）のバージョンの違いによるものかも知れませんよ．
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=95249
この問題を解決する際に，fs_moodle2.4c以降，何か関係する箇所に手を入れてしまっている可能性があります．
いまのmoodleフォルダをmoodle2などバックアップした上で，最新版に一時的に差し替えて試してみて頂けないでしょうか．
あ、この記事が有ったことを忘れていました。5Cのコードが含まれる話として関連性がありそうです。（でも全体像を理解し切れていません ）
週末、出勤しないため、サーバーのファイルをいじれないので、来週以降確認したいと思います。
それと、一つ前にあげた、別の科目でのトラブルの原因は、どうも課題のタイプが高度なアップロードの場合に、スラッシュ使用をONにしていても、
file.php?file=/123/moddata/assignement...
というようなリンクになることが原因となっているようです。
本来なら、
file.php/123/moddata/assignement...
となるべきです。
未確認ですが、1.9のバージョンによっては解決していのかもしれません。
高度なアップロードでスラッシュ使用ONが反映されていないのは現バージョンでは解決されていることがわかりました。
mod/assignment/type/upload/assignment.class.php
この中のprint_student_answer 関数にて、$ffurlを決定するときに、get_file_urlを使っていなかったことが原因のようで、Revision 1.29.2.8 （4月8日版）で修正されています。
http://cvs.moodle.org/moodle/mod/assignment/type/upload/assignment.class.php?r1=1.29.2.7&r2=1.29.2.8