実は私も，Moodleのインストール直後に，サイトのメールエンコードの設定をシフトJISに設定していて，学生からの指摘を受けて直しました
．
今回の件を受けて，まず考えたのは選択肢からシフトＪＩＳを消してしまう（４）でした．しかし選択肢を狭めてしまうのは良くないとも考え，削除は止めました．そうですねぇ，MoodleのGUIに関して言えば（３）でしょうか．
しかし，私も含めて，初期の設定を誤る管理者は多いと予想されます．ドキュメントに ISO-2022ｰJP推奨の文言を明記するのが好ましいでしょう（Moodle Docsの”多言語対応”に追加しておきます）．日本語言語パックの”メール文字コード”を”メール文字コード（ISO-2022-JP推奨）”とするのも一つの手です．ちょっと長いですけれども．