メールの設定をShift_JISにすれば、半額のティルド「~」がメールから排除されます。
最初はMoodleかMoodleが使っているTYPO3のバグだと思ったり、phpのiconvの問題だと思ったりして、結局はlibiconvの開発者BrunoにShift_JISとCP932の違いを教えてもらいました。
正式なShift_JISには半角なティルド（~）は存在しませんので、Shift_JISに変換すればティルドがなくなるのは当然ですが、世に出回っている「Shift_JIS」と呼ばれしものは実は、「CP932」別名「WINDOWS-932」別名「SJIS_WIN」です。SJIS_WINにはティルドがあります。
http://www.microsoft.com/globaldev/reference/dbcs/932.mspx
このフォーラムをもっとまめに読んでいただら、分かったはずです。
現在では、メールのエンコードとして、SJISはあってもCP932という選択肢はありません。バッグを投稿していますが、下記１，２，３のうちどれが望ましいと思われますか。
１）正式な(ティルドなし）のShift_JISTは必要でしょうか？必要なければ
moodlelib.phpに
function get_list_of_charsets() {
$charsets = array(
'EUC-JP' => 'EUC-JP',
'ISO-2022-JP'=> 'ISO-2022-JP',
'ISO-8859-1' => 'ISO-8859-1',
//Takemoto made Shift_JIS map to CP932
'SHIFT-JIS' => 'CP932',
'GB2312' => 'GB2312',
'GB18030' => 'GB18030',
'UTF-8' => 'UTF-8');
asort($charsets);
return $charsets;
}
２）SHIFT_JISに、SJIS_WINの選択肢を加えてもらえばよいか
３）SHIFT_JISTを排除し、SJIS_WINのみを残せばよいでしょうか？
オーバーバーを使うことがありますか。
ちなみに弊校では、"Shift_Jis"とEUC-JPしか表示しないメールクライエントを使っていますので、詳細設定でメールがShift_JISで送信されるように設定しています。しかし、そうしますと、ティルド(にょろ、~）が排除されます。小生のムードルのURLには（apache標準のユーザ名前）ティルドがありますので、我がMoodleからのメールの中にあるリンクが全て機能しませんでした！バーチャルサーバーで対応していましたが、サーバーの移動ではそれも一時期はなくなります。
ISO-2022-JPが何であるかは分かりませんが、おそらくSJISとは異なるものですね。
ISO-2022-JPから全角ティルド～がなくなっていることは別の問題のように思いますが、無知で。。。
SJISの問題に関して
１）Shift JISをCP932として捕らえる
２）Shift_JISプラスSJIS_Winを提供
３）SJIS_WINのみを提供
のうちはどれにそればよいと思われますか？
今からクライエントをテストしますが、きっとうSJIS_WINを使っています。だって、ティルドは重要ですもの。
ちなみに、Microsoftは「932 (Japanese Shift-JIS)」で、CP932とShift_JISが同じものだといっています。
ISO-2022-JPで文字が足りない場合は，UTF-8にします。
これ以外は日本では使われていません。
特にShift JISは御法度です。
ティルドの問題は，簡単に回避できます。
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=75226
ご法度であろうとも、弊校のメールクライアントはShift_JISを使っています。
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=75226
は全角ティルドについてと思います。全角ティルドを使っていません。
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/blog/
をうちのテスト用三重大版Moodle 1.9.1+に貼り付けてみましたが，ちゃんとリンクできました。ここのMoodleではどうなるでしょうか，試してみます。
当方の環境でも半角~をメッセージに含めて送信しても無事に届きますね．（ISO-2022-JP）
このMoodleですとどうでしょう．
あ，ちなみに当方のWebページのURLは，
http://www.suzuka-ct.ac.jp/mech/ai_mech/~shirai/
です．shiraiの前は半角チルダです．
> 思います。そんなことをしたらまわりからぶーぶー言われます。
最近テストしていませんが、キャンパス内のパソコンで使っているメールクライアント（ウェブではありません）は、EUC-JPとShift_JIS対応のみとあります。
http://aqua.math.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~mai/maiyu0.html
しかし、ヘルプページでは
ヘッダーは MIME に対応しています。日本語を含むヘッダーは「charset = ISO-2022-JP, encoding = base64」でエンコードして、送信します。逆に言うと、ヘッダーを生 JIS で送ることは出来ません。
それはヘッダーだけがISO-2022-JPか。。。わかりません。テストしてみます。そうですね。ヘッダーがISO-2022-JPですがメールの本文がSJISのようです。UTF８は確実に文字化けします。
最新のメールを拝読しました。今からMaiYuからメールをお送りします。
武本
山口大学オリジナルのソフトを教職員・学生は御利用なのですね．（Macの人はどうするのだろう？）
MaiYUではなく，Maiのヘルプを読ませて頂きました．
サーバの文字コードはJISのみ，と（Maiでは）書いてありました．EUC-JP, シフトJISはダメと．MaiYUのページではEUC-JPにも対応したように書かれていましたので，拡張されたのでしょうか．
Moodleのメールの文字コードをISO-2022-JPに設定することで，山口大学のメールサーバ（IMAP4?）まではJISで正しく届いているとも考えられます．それをWindows用アプリケーションであるMaiYUで受け取る際に，JISからシフトJISに変換し，そこで半角チルダが欠落する可能性もありますね．
MaiYU以外のメールクライアントも試すことはできないでしょうか？
私は問題なくOutlook Expressを使っています。ただ、学生が大学内で使うコンピューターにはMaiYuしかインストールされていません。ウィルス対策です。
そこで自宅でインターネットがない学生は大学でメールを受信していると、UTF8では文字化け・Shift_JISではティルドがありません。
MaiYUが拡張されたのは、もしかしたら、私が昔MoodleでEUC-JPを使っていてお願いしたからかもわかりません。EUC-JPを使うことも考えられますね。それを考えていませんでした。しかし、どこかのソフト・環境でEUCJPが文字化けするとも聞いていたかと思います。
EUC-JPはCP932よりよいでしょうかな。moodlelib.phpの中の当該スクリプトが見つかりましたので、どのエンコードにでもできると思います。
＞ Outlook Expressを御利用の武本先生がMoodleから（山口大学のメールサーバを介して）メールを受信した場合も，半角チルダが消えてしまうのでしょうか？
はい。Shift_JISに設定すれば、そうです。
> 私の方から武本先生宛にメッセージを送りましょうか？）
奥村先生からいただきましたから、ご親切ですが、よろしいです。
（正式の）Shift_JISを選択すると、ティルドが存在しないので、ティルドがないのは山大の問題だけではなく、当然です。問題はShift_JISを選択したこの馬鹿です。
山大のMaiYU（メールクライアント）もISO-2022-JPに対応していることが分かりました。最初からそれを選択すればよかったです。
EUC-JPが選択できるのはありですが、（正式な）Shift_JISは不要で誤解を招くでしょう。Shit_JISの選択肢があってもSJIS_WINのCP932が望ましいと思いますが
では
１）現在（少なくとも１．６）のGUIにある「Shift_JIS」という選択肢をCP９32に対応させるか（複雑だからいいえ）
２）「Shift_JIS」という選択肢に加えてCP９３２（「SJIS_WIN」）を加えるか（少なくとも正式のShift_JISは不要）
３）Shift_JISの代わりに「JSIS_WIN(CP932)」のみを提供すればよいか（はい、かな）
４）Shift_JIS（もSJIS_WIN(CP932)）をGUIから排除すべきか（考えられる）
拙見は（括弧）にあります。
自身の問題はもう解決ですが、MoodleのGUIについては１～４、どれにすればよいでしょうか？
武本
実は私も，Moodleのインストール直後に，サイトのメールエンコードの設定をシフトJISに設定していて，学生からの指摘を受けて直しました
．
今回の件を受けて，まず考えたのは選択肢からシフトＪＩＳを消してしまう（４）でした．しかし選択肢を狭めてしまうのは良くないとも考え，削除は止めました．そうですねぇ，MoodleのGUIに関して言えば（３）でしょうか．
しかし，私も含めて，初期の設定を誤る管理者は多いと予想されます．ドキュメントに ISO-2022ｰJP推奨の文言を明記するのが好ましいでしょう（Moodle Docsの”多言語対応”に追加しておきます）．日本語言語パックの”メール文字コード”を”メール文字コード（ISO-2022-JP推奨）”とするのも一つの手です．ちょっと長いですけれども．