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 show table status from DB名 like 'mdl_user'; 

mysql> show table status from mdlcvs like 'mdl_user' \G
*************************** 1. row ***************************
           Name: mdl_user
         Engine: MyISAM
        Version: 10
     Row_format: Dynamic
           Rows: 3
 Avg_row_length: 216
    Data_length: 648
Max_data_length: 281474976710655
   Index_length: 18432
      Data_free: 0
 Auto_increment: 4
    Create_time: 2008-04-15 21:13:40
    Update_time: 2008-04-15 21:39:06
     Check_time: 2008-04-15 21:13:40
      Collation: utf8_general_ci
       Checksum: NULL
 Create_options:
        Comment: One record for each person
1 row in set (0.01 sec)

show create table mdl_user \G
*************************** 1. row ***************************
       Table: mdl_user
Create Table: CREATE TABLE `mdl_user` (
  `id` bigint(10) unsigned NOT NULL auto_increment,
--  略
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=4 DEFAULT CHARSET=utf8 COMMENT='One record for each person'
1 row in set (0.01 sec)

みなさん、いろいろコメントありがとうございます。

やはり、状況に応じた対応が必要ということで、チューニングは難しいですね。

phpMySQLでのデーブル別のエンジンは、データベースmoodleを選択して、
サーバー:localhost -> データベース:moodle
となった画面の、構造タブで、テーブルの一覧が表となって表示され、その種別の列に表示されています。当方では、半分以上がInnoDBになってしまっています。

エンジンの変更は、テーブルを選択後、操作タブで、テーブルオプションのところで変えられます。...が、本当に変えていいのかが自信ないだけです。

実行時にモニタリングすることもちょっと考えてみます。

それと、テーブルの操作タブにある、テーブル管理（デフラグや最適化）も試してみないといけないのかもしれません。

それと、MySQLだけを疑っていましたが、最近５０人以上つかっていて、IISのメモリ使用が２００M近くにあがり、極端にアクセスが遅くなる（ほぼ反応がなくなる）ことがあります。タスクマネージャのロードグラフはさほどあがっていないのですが、メモリに無理があるのかもしれません。IISを再起動すると直るので、やはり別スレッドにあったようにISAPIよりもFastCGIにするか、Apacheでの運用にしないとまずいのかもしれません。