Já consegui solucionar o meu problema... O problema surge porque a query que é utilizada para inserir a informação referente à avaliação do trabalho estava a ser mal criada.
Nos casos em que era feita a avaliação de um trabalho enviado pelo aluno, a entrada criada na Base de Dados é feita aquando do envio do ficheiro/trabalho, por parte do aluno. Assim, a query é criada e não necessita das variáveis data1 e data2, pelo que as seguintes linhas de código usadas são aceites:
unset($submission->data1); // Don't need to update this.
unset($submission->data2); // Don't need to update this.
No entanto, se estivermos a avaliar o trabalho do aluno, sem que este tenha submetido algo, estas duas linhas não são aceitáveis, pois as variáveis data1 e data2 são necessários mesmo que estejam vazias, pois os campos da tabela da base de dados data1 e data2 são de preenchimento obrigatório (not null).
Assim, estas duas linhas foram movidas para a condição responsável por verificar se se pretende efectuar um insert/update (para este caso, colocou-se estas duas linhas na opção de update).