Hola a todos,
No se si a alguien más le ha pasado, pero explico mi experiencia y la solucíón que he encontrado.
Hace algún tiempo me fijé que cuando escribía textos en el editor HTML y le cambiaba los colores del fondo o del texto, éstos no se mostraban aunque en el código HTML sí aparecía de la forma "<font color="#003366>".
Me mosqueba porque algunos profesores (los más avezados), quería dar algo de vida a sus cursos y se encontraban con que aquello no iba.
Al final, hoy he descubierto porqué pasa eso:
El culpable es el filtro Tidy
He hecho algunas pruebas y si tengo el filtro Tidy deshabilitado, todo funciona correctamente, pero cuando lo habilito ya no se ven los colores. Eso podría ser una solución, deshabilitar el filtro Tidy, pero...demasiado fácil, ¡yo quiero el filtro tidy activado y que vaya bien lo de los colores! 
Como ya tuve problemas con el Tidy anteriormente, me he ido al código del mismo, en el fichero moodle/filter/tidy/filter.php y enseguida he visto la siguiente opción que viene, por defecto, establecida a true:
'drop-font-tags' => true
Mmm, esto me suena a decir algo como, "pásate por el forro todos los tags font"
Como yo no quiero eso, voy a fastidiarle y le pongo el valor a false, ale, ¡chínchate!
'drop-font-tags' => false
Resultado: Perfecto , ahora tengo el filtro tidy activado y me reconoce los colores perfectamente!!!
Al menos, en las pruebas que he hecho ha funcionado bien. Por favor, si alguien detecta lo contrario que lo diga porque igual he hecho el primo y esto no ha servidor de nada 
Bueno, y esta es mi historia, espero que le pueda servir a alguien.
Hasta pronto.
Salu2.
J. Raul (juagarc4)