Тема апгрейта Moodle уже неоднократно осуждалась на форуме и все-таки... Расскажу о своем случае... Года два назад последний раз обновил Moodle до версии 1.5.x причем обновилось с ошибками и отломалась возможность создания тестов с неточными ответами (т.е. ответы оцениваются в пределах 100% точности). Пока обходились, но теперь возникла насущная необходимость обновиться до 1.9.х. И тут начались проблемы - необходимо было сменить версию php и mysql. Сделать стандартный бєкап средствами mysql не получилось - ошибки. Средствами mysql почекал базу и после этого удалось сделать бэкап. Далее по описанию: обновление до 1.6.х, перевод базы данных под UTF8, обновление до 1.8.х и до 1.9.х
Мораль - прежде чем обновляться - необходимо средствами сервера баз данных проверять базу на отсутствие ошибок и только после исправления ВСЕХ ошибок производить обновление. Кстати ошибка описанная ранее пропала.