SOLUCIONADO!!
utilizando la consulta #mysqlcheck –u usuario –p –-auto-repair basededatos como figura en http://docs.moodle.org/en/Administration_FAQ
La verdad es que fueron 48hs de sufrimiento al ver todo el sitio inutilizado.
Por suerte contamos con el apoyo de la comunidad moodle.
Muchisimas gracias Iñaki!!!