el problema que comentas puede deberse a que, mientras se estaba realizando el cuestionario, las sesiones hayan expirado, si la duración del cuestionario era superior a la establecida como duración de la sesión en PHP o si en el mismo servidor había más aplicaciones PHP corriendo a la vez.
Este asunto ha sido causa de discusión y modificación en Moodle para la, a punto de llegar, versión 1.3.
Como referencia, sigue esta discusión, en la que puedes ver el seguimiento que se le ha dado al problema y la solución implementada. En cualquier caso, en el archivo php.ini, deberás ampliar la duración a algo lo suficientemente grande como para que de tiempo a finalizar el cuestionario (con la variable session.gc_maxlifetime).
Ciao