Hola, sembla ser que a partir de la versió 1.9 el moodle deixa fer operacions amb els usuaris de manera massiva.
Mentre no surt...
Si nomes has de "desmatricular" d'un curs, en comptes de refer una còpia de seguretat, pots fer un "reset" del curs, que deixa el curs en blanc, sense dades d'usuari.
Si vols atacar a la base de dades:
UPDATE mdl_user LEFT JOIN mdl_role_assignments ON mdl_user .id = mdl_role_assignments.userid
SET mdl_user.deleted=1
WHERE mdl_role_assignments.roleid = '5'
On aquest ultim '5' fa referència al id del rol d'estudiant que tens definit a la taula mdl_role.
Això esborra del moodle TOTS el usuaris que tinguin el rol d'estudiant, deixant als profes i admins. Aquests usuaris NO apareixen al moodle, però segueixen a la base de dades per si de cas els volguessis donar d'alta de nou.
Per treure'ls definitivament de la base de dades, els has de treure en 3 o 4 tuules per no quedar amb referències hòrfanes. Snse l'estrutura de la base de dades, no sabria pas on esborrar.