Cosas de Desarrolladores

Como citaron antes algunos compañeros, el problema es que todos los archivos se van a moodledata, el cual esta ubicado fuera del area de interpretacion de apache. Hay dos soluciones,
1. que crees una carpeta dentro del arbol de moodle, por ejemplo
var/www/mimoodle/misarchivos/archivo.php
en la web se veria
http://servidor/mimoodle/misarchivos/archivo.php
si tu ligas en el curso con un recusrso al link anterior, apache interpretara a php sin ningun problema, solo recuersa hacer uso de las funciones adecuadas para evitar el uso inadecuado de tu página.
2. la otra es crear un alias para php, de tal manera que una carpeta fuera del httpdocs pueda ser interpretada, para esto necesitaras ser el administrador de tu servidor.

Espero esto te ayude.

Saludos desde Tlaxcala, México