Hola Carlos,
perdón por responder tan tarde, pero no me paso por los foros tan a menudo como me gustaría (cosas del trabajo y tal).
En algún punto de la rama 1.8 se cambió la estructura de directorios de los ficheros de usuarios (incluidas las imágenes), y el parche que está publicado anteriormente en este mismo hilo ya no sirve, puesto que usa la estructura antigua.
Sin embargo hace pocos días actualicé el parche para la versión 1.8.7 (aunque debería aplicarse sin problemas sobre la 1.8.6) y lo adjunte en el bug original: http://tracker.moodle.org/browse/MDL-11752 . Basta con ir allí y descargarse la versión más reciente del parche para la versión 1.8.x (en el momento de escribir esto es el fichero llamado "mass-upload-user-pictures-1.8.7.diff") y aplicarlo según las instrucciones de esta página: http://docs.moodle.org/en/Development:How_to_apply_a_patch
Con eso debería funcionar.
Saludos. Iñaki.